functions.phpに以下のコードを追加。
全てのカテゴリー並び順がIDごとになってしまうので、そこだけ注意。
（通常はA〜順になっています。数字も使えます）

<?php
add_filter('get_the_categories', 'my_get_the_categories');
function my_get_the_categories($categories){
    usort($categories, '_usort_terms_by_ID');
    return $categories;
}
?>